Для того, чтобы изменить пароль пользователя (в частности root) в MySQL, при этом не засветив его ни в терминале, ни в консоли MySQL, достаточно ввести команду
mysqladmin -u root password -p
При этом в интерактивном режиме будет запрошен сначала текущий пароль, затем новый пароль и его подтверждение.
